En 1996 comienza la expansión de un virus letal que poco a poco irá acabando con más del 90% de la humanidad sobre la tierra. No obstante, el virus no atacará a los animales y estos regresarán a una vida sin su principal enemigo: el hombre. Los pocos seres humanos sobrevivientes se refugiarán en bunkers subterráneos en los que tratarán de investigar el virus que vive en la superficie y de continuar con una sociedad organizada como la de antaño. Más de treinta años después de la catástrofe, un grupo de científicos crea una máquina para viajar en el tiempo con el fin de recabar datos acerca del virus y así crear un posible antídoto, ya que siempre se reconocen incapaces de cambiar el futuro. Y habrán de buscar a sus conejillos de indias en el centro penitenciario de esa última sociedad, prometiéndoles a los "presos voluntarios" el perdón total de su delito, en caso de lograr el éxito en la misión.
Es así que James Cole (Bruce Willis), un preso que siempre tiene la misma pesadilla (en la que él es un niño y presencia el asesinato de un sujeto en una especie de aeropuerto), gracias sobre todo a su capacidad mnemotécnica, es el candidato ideal para regresar a 1996, a la ciudad en donde los científicos sospechan que comenzó la propagación del virus a manos de un extraño ejército que parece ser el culpable: el Ejército de los Doce Monos. Sin embargo, la máquina dista mucho de ser perfecta, y lo arroja seis años antes de lo que tenían previsto; es decir, a 1990. Allí Cole no tarda mucho en ser apresado y conducido a un manicomio, debido a que no calla su misión y dice venir del futuro para estudiar un virus que acabará con casi toda la humanidad. Sin embargo ese accidente resulta ser fundamental, pues allí conocerá a la psiquiatra Kathryn Railly (Madeleine Stowe) y a un interno que lo ayuda a escapar y que seis años más tarde resultará ser una pieza clave dentro del embrollo: Jeffrey Goines (Brad Pitt). Cole es llevado de nuevo al futuro, en donde los científicos se dan cuenta del error de la máquina.
Deciden hacer un segundo intento de llevarlo a 1996, pero esta vez el error es aún más garrafal y Cole es arrojado a una trinchera en medio de una batalla en la Primera Guerra Mundial. Allí resulta herido, y esa bala será la razón principal para que, más tarde, la doctora Railly crea por fin en las palabras de Cole. Es en el tercer intento cuando por fin logran llevar a Cole a 1996. Y apenas llegando secuestra a la doctora Railly, la única persona que daba visos de creerle, y comienza la búsqueda de pistas sobre el Ejército de los Doce Monos. Busca a Goines, quien resulta ser el hijo de un Virólogo de prestigio mundial, y se vuelve con ello el sospechoso más obvio. Ahora bien, una vez acostumbrado al inicial tambaleo entre las realidades y después de probar la vida en la superficie, el perfume de la doctora, Railly, el calor del sol, el aire, etc., Cole decide que se quedará en 1996 para intentar rehacer su vida. Se arranca algunos dientes, debido a que piensa que era la única manera en que podían hallarlo y decide emprender un viaje de huida junto con la doctora Railly, no sin antes comprobar que el Ejército de los Doce Monos, era en realidad un grupo ecologista que libera por la ciudad a los animales del zoológico y no a un virus letal.
Sin embargo, los científicos no permiten su deserción dado que está muy cerca de cumplir con la misión, la cual se consuma en el aeropuerto de la ciudad. Cole experimenta un deja vu, a cada instante: siente que todo eso lo vio cuando era niño. De pronto, la doctora Railly se da cuenta de que el responsable es el principal ayudante del padre de Goines, quien hará el itinerario exacto de la ciudades en las que habían surgido los primeros reportes del virus; y justo cuando Cole está a punto de liquidarlo y así evitar el desastre, cae abatido por las balas de la policía que lo buscaba desde el secuestro de la doctora Railly, mientras que toda la dramática escena es observada por el niño James Cole, quien, por supuesto, nunca la olvidará...
Es así que James Cole (Bruce Willis), un preso que siempre tiene la misma pesadilla (en la que él es un niño y presencia el asesinato de un sujeto en una especie de aeropuerto), gracias sobre todo a su capacidad mnemotécnica, es el candidato ideal para regresar a 1996, a la ciudad en donde los científicos sospechan que comenzó la propagación del virus a manos de un extraño ejército que parece ser el culpable: el Ejército de los Doce Monos. Sin embargo, la máquina dista mucho de ser perfecta, y lo arroja seis años antes de lo que tenían previsto; es decir, a 1990. Allí Cole no tarda mucho en ser apresado y conducido a un manicomio, debido a que no calla su misión y dice venir del futuro para estudiar un virus que acabará con casi toda la humanidad. Sin embargo ese accidente resulta ser fundamental, pues allí conocerá a la psiquiatra Kathryn Railly (Madeleine Stowe) y a un interno que lo ayuda a escapar y que seis años más tarde resultará ser una pieza clave dentro del embrollo: Jeffrey Goines (Brad Pitt). Cole es llevado de nuevo al futuro, en donde los científicos se dan cuenta del error de la máquina.
Deciden hacer un segundo intento de llevarlo a 1996, pero esta vez el error es aún más garrafal y Cole es arrojado a una trinchera en medio de una batalla en la Primera Guerra Mundial. Allí resulta herido, y esa bala será la razón principal para que, más tarde, la doctora Railly crea por fin en las palabras de Cole. Es en el tercer intento cuando por fin logran llevar a Cole a 1996. Y apenas llegando secuestra a la doctora Railly, la única persona que daba visos de creerle, y comienza la búsqueda de pistas sobre el Ejército de los Doce Monos. Busca a Goines, quien resulta ser el hijo de un Virólogo de prestigio mundial, y se vuelve con ello el sospechoso más obvio. Ahora bien, una vez acostumbrado al inicial tambaleo entre las realidades y después de probar la vida en la superficie, el perfume de la doctora, Railly, el calor del sol, el aire, etc., Cole decide que se quedará en 1996 para intentar rehacer su vida. Se arranca algunos dientes, debido a que piensa que era la única manera en que podían hallarlo y decide emprender un viaje de huida junto con la doctora Railly, no sin antes comprobar que el Ejército de los Doce Monos, era en realidad un grupo ecologista que libera por la ciudad a los animales del zoológico y no a un virus letal.
Sin embargo, los científicos no permiten su deserción dado que está muy cerca de cumplir con la misión, la cual se consuma en el aeropuerto de la ciudad. Cole experimenta un deja vu, a cada instante: siente que todo eso lo vio cuando era niño. De pronto, la doctora Railly se da cuenta de que el responsable es el principal ayudante del padre de Goines, quien hará el itinerario exacto de la ciudades en las que habían surgido los primeros reportes del virus; y justo cuando Cole está a punto de liquidarlo y así evitar el desastre, cae abatido por las balas de la policía que lo buscaba desde el secuestro de la doctora Railly, mientras que toda la dramática escena es observada por el niño James Cole, quien, por supuesto, nunca la olvidará...
